Khoa tim mạch Bệnh viện đa khoa tỉnh Thanh Hóa được hình thành, hoạt động từ rất sớm, tiền thân là khoa Nội dân
Phòng chỉ đạo tuyến là phòng nghiệp vụ chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Giám đốc Bệnh viện và chịu trách nhiệm trước giám đốc về toàn bộ hoạt động công tác Đào tạo - Chỉ đạo tuyến. Phòng đào tạo – Chỉ đạo tuyến Bệnh viện đa khoa tỉnh Thanh Hóa được thành lập năm 2008.
Phòng Tổ chức cán bộ là phòng nghiệp vụ, chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Giám đốc bệnh viện và chịu trách nhiệm trước Giám đốc về tổ chức thực hiện công tác tổ chức cán bộ, công tác bảo vệ chính trị nội bộ của bệnh viện.
Trung tâm Thận-Lọc máu Bệnh viện Đa khoa tỉnh Thanh Hóa được hình thành từ năm 1994, tiền thân là bộ phận lọc máu thuộc khoa Hồi sức cấp cứu. Ngày 13 tháng 4 năm 2007 khoa Thận Khớp và Nội tiết BVĐK tỉnh TH được thành lập, bộ phận TNT tách khỏi khoa HSCC và là bộ phận Thận nhân tạo trực thuộc khoa TK&NT
Khoa Khoa Bệnh nhiệt đới thành lập 1972, tách ra từ khoa Thần kinh- Truyền nhiễm - Da liễu - Lao. Vị trí hiện tại nhà A4
